「黒ずくめの組織」のボスの正体については、いつもファンの間で話題になっている。重要な脇役として、まともな姿である阿笠博士も、ファンたちに疑われました。これに対して、青山剛昌は長編『黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー』の終わりに、阿笠博士が銃声を聞いてコナンを救出するプロットをわざとつくって、彼に容疑から逃れさせました。

しかし、これはファンには納得できなく、むしろ「陰謀説」の分析が広がりました。質問を受けた青山剛昌さんも苦笑しかなりませんでした。読者や視聴者の想像力があまりにも豊かだったと。ちなみに「阿笠博士」のフルネームはまさしく「阿笠博士（ひろし）」で、イギリスの推理小説家「アガサ」の日本語発音と、日本の推理作家海野十三が書いた怪人科学者の金博士に由来しています。