ストーリーの舞台は東京の八丈島沖で、世界中の警察の監視を繋ぐハイテク施設「パシフィック・ブイ」が立ち上げられようとしているところ。ユーロポールの管轄区域とネットワークを築くために、世界中からエンジニアがここに集まる。顔認証をベースにした新たなハイテックもテストされている…

同じ頃、コナンらはホエールウォッチングのために港を訪れるが、途中沖矢昴（赤井秀一）から電話を受け、ユーロポールのメンバーがドイツでジンに殺されたことを知らされる。コナンは真相を探るため「パシフィック・ブイ」に潜る。エンジニアがシステム立ち上げの準備をしていた矢先、突然事件が発生！女性エンジニアが闇の組織に拉致され、彼女が手にしていた基幹技術が入ったUSBメモリも黒ずくめの組織の手に渡る！

その時、水下からは正体不明の潜水艦が近づく不気味な音が聞こえ、灰原哀にも謎の黒い影が静かに迫っている…。

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