ある日、野原家に妊婦の女性・屁祖隠ちよめと5才の少年・珍蔵が訪れた。彼女は5年前にみさえと同日に同じ病院で子供を産んだが、病院のミスで取り違えが起きてしまったと同行していた病院の医院長が言う。あまりの事に動揺するひろしとみさえだったが、ちよめの強引な理屈で一晩泊めることになってしまう。その夜、ちよめ達を連れ戻しに来た忍者達が野原家を襲撃し、ひろし達が寝ている横でちよめが迎撃するものの多勢に無勢で捕らえられる。偶然起きて珍蔵と間違われたしんのすけは、ちよめと共に忍者の里へ連れ去られる。しんのすけはそこで、地球のエネルギーが噴き出す「地球のへそ」の存在と、屁祖隠家が「もののけの術」でへその栓を守る役目を担ってきた事を知り、里の長老の命令でもののけの術を会得するため忍者幼稚園に通うことになってしまう。 一方、しんのすけとちよめがいなくなった事に気付いたひろしとみさえは、珍蔵から事情を聞き出し、しんのすけが持って行ったみさえのスマートフォンの位置情報を頼りに忍者の里を目指す。しかし、忍者の存在を隠すため長老の放った影の刺客による襲撃を受けてしまう。